Tras el final de Vandread, la guerra está bastante lejos de finalizar. La tripulación del Nirvana se encuentra mucho más próxima que nunca a su planeta natal. En el camino, encuentran una cápsula con una chica dentro llamada Misty. Junto al descubrimiento de esta chica, el nacimiento del último Vandread está por ocurrir. Podríamos decir que la trama del Second Stage de Vandread se torna bastante más oscura y dramática, aún sin perder todo el tono humorístico que tuvo la primer serie.