En la primavera del 2020, Minato por segunda vez pierde la oportunidad de entrar en la universidad. Deprimirdo vuelve a su departamento yen el camino literalmente le cae una chica que es perseguida por otras dos misteriosas chicas con un poder especial. En la desesperación Minato y la chica, Musubi, terminan en su departamento. Musibi le cuenta que ella es una Sekirei y que anda buscando su Ashikabi.

Paulativamente, Minato se entera que en esa ciudad la corporación MBI (Mid Bio Informatics) organiza una batalla real entre estas misteriosas chicas y para ello necesitan pactar con una persona. Asi Minato se convierte en el Ashikabi de Musubi... pero para Minato las cosas se complican ya que al aparecer otras Sekirei reaccionan ante él...