Corre el año 2010, el sagrado imperio de Britania toma la isla de Japon despojando a sus habitantes de sus derechos y proclamandola bajo el nombre de Area 11. En este contexto de conflictos, Lelouch vi Britania, uno de los herederos del imperio britaniano intenta avergiuar la verdad tras el asesinato de su madre, el cual trajo consecuencias a su hermana menor Nanally la cual queda ciega y paraplejica. En busca de respuestas encuentra la oposición de su padre el emperador y este lo termina desheredando a Lelouch de su titulo de principe, condenandolo a vivir una vida de sufrimiento junto a Nanally.

Asi 8 años después Lelouch bajo el apellido Lamperouge intenta llevar su vida de estudiante de la academia Ashford pero el encuentro con una vieja amistad, Kururugi Suzaku, y el sellado de un contrato con la misteriosa bruja CC, harán que Lelouch obtenga el poder de la obediencia absoluta, eso que llaman Geass.